11 février 2021

Comment les variantes de Covid-19 se répandent – Quartz

Par admin2020

Les virus ont un objectif singulier: entrer, copier, copier, copier, sortir.

Mais même avec une grande expérience de la reproduction, les virus ne sont toujours pas parfaits. Ils font des erreurs, comme insérer accidentellement un nucléotide pour un autre, en supprimer un ou en doubler un autre. Celles-ci sont connues sous le nom de mutations, et le résultat est des virions filles (la virologie parle de «unités de virus en dehors des cellules hôtes») qui ne le sont pas assez clones. Souvent, ces mutations ne sont pas un gros problème. Mais lorsque les mutations s’avèrent particulièrement avantageuses pour le virus – c’est-à-dire l’aider à se répliquer d’une manière ou d’une autre – elles deviennent plus fréquentes. Cela conduit à une nouvelle variante.

“Si [mutations] ne vous répandez pas plus, vous n’avez pas à vous en soucier », dit Florian Kramer, professeur de microbiologie spécialisé dans les maladies infectieuses à l’Icahn School of Medicine. Le défi consiste à évaluer les implications de ceux qui prolifèrent.

Les scientifiques évaluent actuellement si certaines mutations du virus SRAS-CoV-2 l’aident à se propager plus rapidement, à échapper aux anticorps des vaccins ou à provoquer de nouvelles infections. Ces variantes d’abord apparu au Royaume-Uni, en Afrique du Sud, au Brésil, et Californie (respectivement), et la crainte est qu’ils pourraient aggraver une pandémie déjà loin d’être maîtrisée. “Je ne pense pas qu’il soit hyperbolique de dire que le pire pourrait être encore à venir,” Angela Rasmussen, virologue au Center for Global Health Science and Security de l’Université de Georgetown, a dit à ProPublica.

Qu’est-ce qu’une variante?

La plupart des mutations que les scientifiques ont observées jusqu’à présent concernent la protéine de pointe du SRAS-CoV-2. Cette protéine est la cible de tous les vaccins disponibles et en cours d’élaboration, car c’est à la fois le pied de biche avec lequel le virus pénètre dans nos cellules et le look moléculaire caractéristique du virus. La protéine de pointe est composée de près de 1300 blocs d’acides aminéset des mutations dans l’ARN du virus (un seul brin de matériel génétique) peuvent entraîner des changements dans certains de ces acides aminés.

Par exemple, le variant britannique, ou B.1.1.7., Est un ensemble de quelques mutations dont la modification de la protéine de pointe rend le virus plus collant. Parce que cette variante a une plus forte emprise sur nos cellules, une charge virale plus petite peut provoquer une infection réelle. Ainsi, le virus devient plus transmissible. Les estimations suggèrent que cette souche est autour de 50% plus transmissible que les souches précédentes.

La souche sud-africaine, appelée B.1.351, est similaire à B.1.1.7. mais avec quelques mutations supplémentaires sur la protéine de pointe, dont une appelée E484K, ou «EEEK» pour faire court. Dans pré-impressions, les scientifiques ont découvert que cette mutation peut rendre plus difficile la neutralisation du virus par les anticorps.

La variante trouvée pour la première fois au Brésil, appelée P.1, partage certaines des mêmes mutations protéiques de pointe que les variantes d’Afrique du Sud et du Royaume-Uni. Les scientifiques ne savent pas pourquoi, mais il semble qu’il y ait des mutations dans la variante P.1 qui peuvent rendre cette souche capable de réinfecter des individus. Normalement, les responsables de la santé supposeraient que les personnes qui ont déjà été atteintes de Covid-19 bénéficient d’une certaine immunité protectrice.

Le mois dernier, des scientifiques de Californie identifié une autre variante. Celui-ci, appelé CAL.20C, semble avoir constitué un quart des cas dans le sud de la Californie en octobre. Bien qu’il contienne des mutations sur la protéine de pointe, elles ne sont identiques à aucune de celles décrites précédemment. Les scientifiques cherchent toujours à savoir si ces mutations ont un effet tangible sur le virus ou sur l’infection qu’il provoque.

Les variantes peuvent également acquérir de nouvelles mutations. Les scientifiques ont parfois regardé la mutation EEEK sur les variantes du Royaume-Uni et du Brésil; ils ont aussi témoin de preuves de recombinaison, un processus par lequel le virus SARS-CoV-2 peut se déplacer dans des sections entières de son génome lors de sa réplication. On ne sait cependant pas dans quelle mesure la recombinaison contribue à de nouveaux types de formation de variantes.

Où sont les nouvelles variantes?

La variante B.1.1.1.7 a fait son chemin dans 50 pays ou territoires à ce jour, y compris aux États-Unis, où les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) prédit que ce sera la souche dominante juste quelques semaines. La variante B.1.351 est apparue dans 30 pays; et la variante P.1 a été trouvé au Brésil et au Japon, après le retour des touristes de la visite du premier.

Les scientifiques craignent que ces variantes se trouvent déjà dans plus d’endroits que nous ne le pensons. La recherche de variantes et l’évaluation de leur prévalence nécessitent un séquençage génétique après qu’un patient a fourni un test PCR positif, mais les États-Unis ne séquencent qu’environ 1% de ses variantes, selon ProPublica. Fin janvier, c’était 38e au monde pour le séquençage. La CDC a passé des contrats avec des entreprises privées pour tenter d’augmenter ce taux. En décembre 2020, l’Australie était en tête avec 43% de ses affaires séquencées, mais aucun pays ne capte 100% des cas.

Les traitements et les vaccins fonctionneront-ils contre de nouvelles variantes?

C’est la question à un million de dollars.

Pour la plupart, ces mutations ne font pas le virus SARS-CoV-2 cette différent des souches précédentes, ce qui signifie que la plupart des vaccins devraient être quelque peu protecteurs contre elles. Même si un vaccin ne peut pas protéger contre tous les cas, la réponse immunitaire initiale devrait être suffisante pour apprivoiser les cas potentiellement graves.

Et jusqu’à présent, il existe des preuves limitées que l’une de ces variantes aggrave les infections à Covid-19. Dans le cas de B.1.1.1.7, davantage de personnes pourraient tomber malades, ce qui pourrait avoir un impact sur les hospitalisations et les taux de réanimation. Et bien que les données suggèrent que B.1.351 et P.1 pourraient être en mesure d’éviter les anticorps neutralisants, ils ne devraient toujours pas rendre les gens plus malades.

«C’est un immense soulagement de savoir que les vaccins semblent encore protéger contre l’hospitalisation et les décès», Emma Hodcroft, épidémiologiste moléculaire à l’Université de Berne, dit à STAT.

Cela dit, la variante B.1.351 en particulier donne une pause à certaines sociétés de vaccins et de thérapies. Plus tôt cette semaine, le gouvernement sud-africain a interrompu le déploiement du vaccin AstraZeneca après qu’une étude préliminaire a montré qu’il était moins efficace contre la nouvelle variante. Janssen également signalé que son vaccin à injection unique a évité 57% des cas en Afrique du Sud, contre 66% en moyenne, et Novavax a constaté que son vaccin à double injection n’a prévenu que 49% des cas, contre près de 90% ailleurs. Il n’y a pas de données sur si les vaccins Pfizer-BioNTech et Moderna fonctionneront bien contre cette variante pour le moment – ils ont été testés avant qu’il ne soit répandu – mais Moderna a déclaré qu’il testait actuellement des rappels. Regeneron également mis à jour son traitement par anticorps monoclonaux après l’avoir trouvé moins efficace contre les virus avec le variant EEEK.

Toute cette incertitude montre pourquoi il est toujours préférable d’éviter du tout le Covid-19, ce qui signifie rester vigilant avec les mêmes vieilles précautions en cas de pandémie: se laver les mains, se distancer physiquement et porter un masque (ou deux) dans les espaces publics. «Si quelqu’un m’avait demandé il y a six mois, j’aurais dit que le virus est assez stable», dit Krammer. Maintenant, il n’y a aucune garantie que les mutations cesseront.



Source by